Desgraciadamente, la relación con el matrimonio Andler no terminó bien. En 1863, los hosteleros cansados por los excesos del pintor deciden pasarle la factura por todos sus gastos. La nota asciende a la astronómica cifra de 3,000 francos. Courbet se niega a pagar y abandona el local, pero los Andler lo llevan a los tribunales, donde es condenado a abonar la deuda.
Su nuevo “cuartel general” pasa a ser la la Brasserie des Martyrs, un local que se había convertido en el epicentro de la cultura parisina y que estaba presidido por un cuadro que representaba al Rey Gambrinus levantando una enorme jarra de cerveza. Allí, siendo fiel a sus ideas republicanas y socialistas, Courbet rechaza la Legión de Honor propuesta por Napoleón III. Es en una de la mesas de la brasserie, donde tras la proclamación de la República el 4 de septiembre de 1870, recibe su nombramiento como presidente de la comisión del museo y delegado de Bellas Artes.
También es frente a las puertas de cristal del local donde manifiesta su apoyo público a la Comuna. Elegido miembro del Consejo de la Comuna por el sexto distrito, pasa a formar parte de la comisión de educación y se muestra muy activo, pero viendo la desorganización, la arbitrariedad de las decisiones y el cariz violento que estaban tomando los acontecimientos decide renunciar a su cargo. El 7 de junio de 1871, tras la Semana Sangrienta, Courbet es arrestado y se le acusa de la destrucción de la columna Vendôme, el monumento dedicado a Napoleón Bonaparte. Al contrario que a otros insurgentes, el Consejo de Guerra le perdona la vida pero lo condena a seis meses de prisión y a pagar una multa de 300.000 francos. Para evitar el pago de una sanción tan elevada el pintor huye a Suiza, donde fallecería el último día de 1877.